肝移植是终末期原发性硬化性胆管炎唯一有效的治疗方法，因为缺乏有效的药物。原发性硬化性胆管炎肝移植的适应症与其他肝病相似，主要是门脉高压并发症、慢性肝衰竭和生活质量下降。然而，一些原发性硬化性胆管炎的特异性指征，包括难治性细菌性胆管炎、皮肤瘙痒和早期胆管癌。原发性硬化性胆管炎患者肝移植后5年生存率可达85％，但有20％～25％的患者在术后5～10年复发。对于肝移植术后患者，建议在诊断原发性硬化性胆管炎复发前，首先除外其他导致胆管狭窄的原因。
(1)有证据显示UDCA15～20mg/kg/d能改善肝血生化指标和反映疾病进展的替代指标，但尚未表明能提高生存率。
(2)目前提示但有限的证据表明，原发性硬化性胆管炎患者UDCA可用于结肠直肠癌的化学预防。结肠直肠癌高危因素患者应考虑应用UDCA，比如直肠结肠癌家族史强，直肠结肠肿瘤或长期广泛结肠炎患者。
(3)糖皮质激素等免疫抑制剂除非有重叠综合征，否则不适合治疗成人原发性硬化性胆管炎。
(4)胆管狭窄主要伴有明显胆汁淤积的患者，需要胆管扩张治疗。胆管支架置入术只考虑扩张治疗和胆汁引流效果差的患者。这些患者推荐预防性抗生素。
(5)晚期原发性硬化性胆管炎患者推荐肝移植，有胆管细胞异性增生证据或重复严重细菌性胆管炎患者也可考虑肝移植。
